Computational prediction of RpoS and RpoD regulatory sites in
Geobacter sulfurreducens using sequence and gene expression information.
Yan B, Nunez C, Ueki T, Esteve-Nunez A, Puljic M, Adkins RM, Methe BA, Lovley DR, Krushkal J.
Gene. 2006 Jul 20; [Epub ahead of print]
RNAポリメラーゼのσSサブユニットであるRpoSは、
G. sulfurreducensの地下環境における生育と生き残りにとても重要(vital)である。この細菌においてRpoSが機能するのに重要と思われる(遺伝子の)保存領域を探索した。また、シーケンス情報と発現マイクロアレイのデータを用いて、RpoSの調節に関連すると思われるゲノム上の領域を予測した。
階層的クラスタリングによって、
rpoS欠失変異株で顕著に抑制(downregulated)される遺伝子群が3つのクラスターに分かれて同定された。保存された代表的な(overrepresented)モチーフを、これらの同じように調節されているオペロン中に探してみると、rpoS欠失変異株で抑制された機能的に重要なオペロンの多くの上流に、-35/-10領域とおぼしきものが見つかった。これとは別に、
G. sulfurreducensと大腸菌に見つかっている一連の-35/-10領域の配列解析によって、
G.sulfurreducensのゲノム上に- 35/-10プロモーター領域を同定することが出来た。RpoSやRpoDと他のσファクターの-35/-10領域の配列はよく似ているので、配列の類似性を調べても、マイクロアレイのデータから代表的なモチーフを抜き出す方法でも、RpoSや他のσファクターのプロモーター領域を同定したことになるかも知れない。
発現調節機構の解析。こういうのは難しいです。
rpoSについて検索すると、2002年度の日本農学会の農学進歩賞の
要旨がヒットする。
東大分子細胞生物学研究所分子遺伝研究分野 田中 寛先生の研究室の
サイト
には少し平たく書いてある。でも教科書的なこと以上はよく分かりません…。